1、工作任务不同。中央统一委员会工作的主要目的是监视国民党机关内部情况，攻击国民党以外的各方，控制舆论和思想。军事指挥的主要任务是收集各类情报、监视和管理军队、逮捕和暗杀敌对势力。 2、所属机构不同。中央管辖的机构是党中央委员会的情报机构。军事统一直属国民党军事序列。 3、专业领域不同。军事指挥部主要管辖各地的军事、警察和交通服务。中通主要管辖国民党党务、行政机关党务全国各地的政策和学校，以及社会的教育和舆论。