回族形成于元代。清朝时期，居住在现在的新疆，是维吾尔族的祖先。清康熙年间，大小回族部落叛乱，康熙帝出兵平定。随后任命伊犁将军管理新疆事务。清朝光绪年间，慈禧命左宗棠回疆，不包括伊犁。与俄罗斯签订赔偿条约后，曾国藩之子曾纪泽接替了伊利。清政府收复新疆后，设新疆为行省。