冬季，尼加拉瓜湖受东北信风影响，加上陆地隆起，降水较多。此外，沿岸的湾流也起到增湿作用，导致降水增多。雨季期间，尼加拉瓜湖受赤道低压带控制，降水较多，湖水水位较高；旱季受东北信风影响，降水较少，湖水水位较低。