《奥特曼格斗进化3》中的L1按钮（左肩扳机）默认在遥控器上。战斗中，按右方向键+B可施展飞踢（奥特曼），按下方向键+B可施展飞踢（怪物）。战斗中，可以按特殊攻击按钮进行特殊攻击，按投掷按钮进行投掷；按防御键进行防御，按方向键进行闪避。