南开二中的目标学生分为普通班，南开二中的班级分为公共班、重点班和普通班。公共能源课源自南开学校系列校训。功能班和专业班在学生的活动、思维训练、能力发展、高考成绩等方面都具有很大的优势。工能班成立以来，各项高考通过率均达到100%。