黑枸杞蜂蜜呈黑色的主要原因是所用枸杞的种类和蜜蜂采集的花蜜。黑枸杞是枸杞的一个特殊品种，它不同于常见的红枸杞或黄枸杞。黑枸杞果实通常呈深紫色或黑色，这与普通的红枸杞或黄枸杞不同。用这种黑枸杞制作蜂蜜时，会使蜂蜜看起来呈黑色。