集体户口的缺点是： 1、如果员工需要户口证明或者辞职，会给人力资源增加很多手续。如结婚、生育、发放户籍证明、补发身份证等。 2、集体户籍制度催生了户籍代理行业，诈骗、贿赂、权钱交易现象猖獗。尤其是北京、上海等大中城市。 3、农村转非后取得的集体户口不能返回原籍地。要想安定下来，就得买房子。 4、夫妻双方是否有集体户口、婚姻问题、计划生育且不能办理儿童户籍。 5、结婚后集体户口不得迁回原籍地。 6、集体账户旧房应急贷款需要担保人。法律依据：《中华人民共和国户口登记条例》第十条 公民离开户籍所在地时，本人或者户主必须在迁出前向户口登记机关申报迁出登记。搬迁，领取迁移证明并注销户口。公民从农村迁往城市，须持有城镇劳动部门的工作证明、入学证明或者城镇户政机关批准迁入的证明，并与登记机关联系常住地的家庭管理搬迁手续。公民在边境地区定居，必须经常住地县、市、市辖区公安机关批准。