首付和第二套公积金贷款的区别如下： 1、首付比例：一般来说，首套房公积金贷款的首付比例较低，一般为20%，而首付则为30%。第二套房的比例更高，达到40%甚至更高。 2、贷款利率：第二套房的公积金贷款利率一般高于第一套房。具体利率差异可能因银行和城市而异。 3、贷款限额：首套房的公积金贷款限额一般较高，达到房屋总价的70-80%，而第二套房的贷款限额可能会受到更严格的限制。 4、贷款困难：由于二套房的风险较高，因此贷款困难。国家税务局在批准第二套住房应急贷款时可能会更加谨慎，贷款难度可能会增加。请注意，具体政策可能因地区和银行而异。在申请公积金贷款之前，建议您详细了解当地政策和银行规定，以便做好充分准备。